保税区是设立在国境内的海关特殊监管区域。 它在关税和部分监管措施上实行了特别安排， 比如境外货物入区免税或保税， 区内生产交易免增值税、营业税等。 一般来讲， 货物运至保税区后，可以在保税状态下进行加工、存储、展览、改装、分类、混合等， 并根据需求完税后运入关内或免税运出境外。
我国的自贸试验区， 既包括海关特殊监管区域， 又包括非海关特殊监管区域。 其中， 海关特殊监管区域实行“ 一线放开、二线安全高效管住” 的通关监管制度； 非海关特殊监管区域仍按现在全国通行的模式实施监管。 因此，自贸试验区不是保税区的升级版。
自贸试验区与当年设立的深圳等经济特区也有很大不同。首先是选择标准不同。 经济特区对接港澳台， 重点是引进外资和技术；自贸试验区是全国布局，服务国家战略。 第二是使命不同。 经济特区着重开放开发；自贸试验区是对接国际高标准的投资贸易规则体系。 第三是着力点不同。 经济特区有政策优惠； 自贸试验区不是优惠政策的“ 洼地” ，而是争做制度创新高地。
自贸试验区与各类开发区也有着不同的侧重点， 具体表现在：一是定位不同。 自贸试验区体现的是国家意志，党中央、国务院寄予厚望。 二是区划不同。 与开发区不同， 自贸试验区一般为 １２０ 平方公里，不超过 ３ 个片区， 一般不可拆分。 三是工作任务不同。自贸试验区需要主动开展压力测试， 努力形成可复制、可推广经验，当好“ 苗圃” 、不做“ 盆景” ， 为我国全面深化改革、扩大开放积极探索突破口和新路子。 一般来说，自贸试验区要承担转变政府职能、投资领域改革、贸易转型升级、金融开放创新等四方面的共性任务，以及本地发展所需要开展的个性试验任务。
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